Während der frühen Ming Dynastie finden umfassende politische und landwirtschaftliche Reformen statt. Wirtschaft, Kunst und Kultur blühen und es entstehen bedeutende Literaturwerke. Der dritte Kaiser der Dynastie – Yongle – lässt den Bau der Verbotenen Stadt beginnen.
In der chinesischen Medizin wird erstmals das Konzept von Keimen (sog. Li qi) als Ursache von Epidemien von Wu Youke postuliert. Die Idee, dass interne und externe Behandlung kombiniert werden sollte, um Krankheiten zu bekämpfen, wird von mehreren Ärzten und Chirurgen geteilt. Es werden Methoden zur Analgesie (Schmerzlinderung), Asepsis (Abwesenheit von Krankheitserregern) und Hämostase (Blutstillung) entwickelt, welche zu einer Verbesserung der Operationstechnik beitragen.
Der direkte Kontakt zwischen Europäer und China beginnt mit den jesuitischen Missionaren aus Portugal im 16. Jh. n. Chr. Diese werden von den chinesischen Behörden jedoch abgewiesen und gelangen zu Nachbarstaaten, darunter Japan. Hier lernen sie die japanische Variante der chinesischen Medizin kennen und verfassen erste Berichte, insbesondere über Akupunktur und Moxibustion. Die Missionare bemühen sich ebenso, die philosophischen Grundlagen zu beschreiben und einige Begriffe zu übersetzen. Diese Auslegungen sind jedoch aus heutiger philologischer Sicht unzutreffend und von einer Rezeption – im Sinne einer Übernahme des chinesischen Gedanken-/Kulturguts – kann zu dieser Zeit noch nicht die Rede sein.
Die erste Phase der Begegnung zwischen westlicher und östlicher Heilkultur wird im 1612 unterbrochen, da den Missionaren aufgrund missionsstrategischer Überlegungen verboten wird, medizinische Kenntnisse zu erwerben oder anzuwenden.
Die Ming Dynastie wird zunehmend diktatorisch und in den 1440er Jahren werden sowohl die Mongolen als auch japanische Piraten (sog. Wokou) zur Bedrohung. Im 17. Jahrhundert gewinnt das Mandschu-Volk genügend Macht um das bereits geschwächte Land zu erobern und gründet schliesslich die Qing Dynastie.